中国药学发展奖和药学发展基金由马剑文同志创建，于1994年6月21日在北京正式成立。挂靠单位是总后卫生部药品仪器检验所。孙建中、闫希军、白书忠、陈德昌、姚达木、陈兆和、毛宁、喻惟新、龙焜同志等都为创建中国药学发展奖和药学发展基金付出很多心血。成立以来，得到了总后卫生部和药品仪器检验所历届领导、国内外关心我国药学事业发展的团体、人士的大力支持和鼎力资助，并用基金开展了奖励科技人物的全国性医药学奖项和科技咨询、学术交流等公益活动。成立大会是在挂靠单位总后卫生部药品仪器检验所召开的，总后卫生部、国家卫生部药政局、中国药品生物制品检定所、国家药典委员会、中国药学会、全国新药评审办公室等有关领导出席会议。总后卫生部陆增祺部长讲话中说，药学发展基金的成立是一件立在当代，功在千秋大好事，几年后应该向全国发展。中检所所长、中国药学会周海钧理事长说，这是我国药学史上的一件大事。
我会发展历程第二个重要标志是于1995年9月28日中国科协批复同意中国科学技术发展基金会设立分支机构—药学发展基金委员会，同时被批准的还有詹天佑铁道科技发展、茅以升科技教育发展等5个基金委员会。1996年1月得到国家民政部批准，并授予印章，全名为中国科学技术发展基金会药学发展基金委员会，主任委员马剑文同志，这是我会正规化发展的重要标志。1996年5月22日首届药学发展奖颁奖典礼在北京人民大会堂隆重召开，全国政协副主席、中国科协主席、中国工程院院长朱光亚院士以及周廷冲、秦伯益院士、总后卫生部傅征副部长、国家卫生部药政局、中国药品生物制品检定所、国家药典委员会、中国药学会等单位领导出席，并为我国药理学奠基人之一周金黄教授和黄翠芬院士等11位获奖者颁奖。朱光亚院士夸赞获奖者水平高，会议紧凑、组织严密、庄严隆重。
会后，我会向中国工程院院长朱光亚院士写报告，邀请他为我会名誉主任委员，他在报告上批示同意。然后，又有10位院士同意为我奖评审委员会顾问，并多次参加药学发展奖评审工作。
第三个重要标志是，2001年3月8日中国药学发展奖被国家科技部首批批准为全国性26个奖项之一，批准证书编号为国科奖社证字第0010号，这是由国家药监局发函国家科技部同意设立的，医药类奖项只有2个，中国药学发展奖和中华医学科技奖，带“中国”、“中华”的奖项从严掌握，我中国药学发展奖是少数冠以“中国”的奖项。从此，中国药学发展奖步入了一个崭新的、规范的、被国家认可的发展阶段，是中国药学发展奖的重要里程碑。
2008年由国家科技部主办的“中国科学技术奖励年鉴”开始收载了中国药学发展奖，在年鉴第七部分社会力量设立科学技术奖励中，中国药学发展奖位列在何梁何利奖、李四光地质科学奖等奖项之后，其内容包括：奖励工作概述和获奖者名单。年鉴反映了2007年度中国药学发展奖的推荐、评审、公示、颁奖工作的全过程以及包括唐希灿、刘耕陶、陈志南院士等16位获奖者所在单位、获奖奖项、获奖者主要事绩。
第四个重要标志是2010年药学发展基金委员会在原来是分支机构的基础上，申请注册了新的、独立的、具有法人资格的北京长江药学发展基金会，理事长是徐康森同志，2015年换届后理事长是胡昌勤同志，并获得了对我会捐赠的企业有减免税的资格。其宗旨和任务仍为：激励创新、奖励医药学领域的优秀人才；资助医药学方面研究、药品安全监测及有利于医药学发展的公益活动。
2011年10月经国家科技部出函证明，北京市通讯管理局和公安局批准我会设立“中国药学发展奖网站”，万度网络技术有限公司免费为网站设计页面和后台管理。网站的开通，促进了我奖各项工作的发展，扩大了对外宣传的渠道，意义重大。
25年来，中国药学发展奖已成功举办了14届颁奖大会，被推荐候选人达791人，获奖总人数244人，其中院士18位（占获奖人数的8.18%），他们是：嵇汝运、肖培根、唐希灿、刘耕陶、候云德、黄翠芬、徐国钧、李连达、陈志南、谢毓元、池志强、戴尅戎、于德泉、金国章、张生勇、王广基、李松、黄璐琦等院士。侯云德院士是中国药学发展奖2005年度获奖者，事隔12年获2017年度国家最高科学技术奖，习近平总书记在人民大会堂为他颁奖。
说明：左图是侯云德院士获2005年度中国药学发展奖；
右图是事隔12年侯云德院士又获2017年度国家最高科学技术奖，习近平总书记在人民大会堂为他颁奖。
有几位院士是获得本奖后授予院士称号的，2009年黄璐琦研究员获中国药学发展奖杰出青年学者奖，2017年被授予中国工程院院士称号，说明以桑国卫、吴祖泽、卢世璧、王永炎等院士领衔的评审委员会工作是严谨的、准确度是高的。历次颁奖大会在人民大会堂、钓鱼台国宾馆等处举行，桑国卫、周光召、蒋正华、何鲁丽、顾秀莲等原人大副委员长，朱光亚、卢嘉锡等原政协副主席和国家有关部局领导、国家科学技术奖励办公室领导都参加过颁奖大会，并为获奖者颁奖。由于获奖者层次高，颁奖大会规格高，国家领导人出席颁奖大会，使中国药学发展奖在全国医药界，有较高威望，例如获奖者嵇汝运院士去世时讣告，介绍他一生获得的奖项只写出国家奖、中国药学发展奖和何梁何利奖。捐赠中国药学发展奖基金的企事业单位和个人也为促进我国药学事业的发展作出很大贡献。因此，基金搭台、企业捐赠、奖励人才，激励创新是一条企业和基金双赢的路，将为我国研制出更多更好的创新药物、医疗器械、创新的治疗方法、为药品质量的创新技术，促进医药学发展作贡献。由于历届颁奖大会开得庄严隆重，气氛热烈，影响力大，每次颁奖大会落下帷幕后，均受到医药报刊、电视台的关注报道，有几届颁奖大会中央电视台和地方电视台当晚就播出，同时新华社、科技日报、中国医药报、健康报、中国中医药报、中国药学杂志、中国新药杂志、解放军药学学报等报刊以及网络对颁奖大会的盛况及获奖者事迹都在第一时间或头版头条进行了报道、宣传。通过报道，进一步提升了中国药学发展奖及获奖者的影响度，激励人才的成长，为国内医药学界所瞩目。
中国药学发展奖奖励工作委员会
北京长江药学发展基金会
二〇一九年三月二十二日